Зообентос – это совокупность животных организмов, обитающих на грунте и в грунте дна водоёмов.
Результаты исследований зообентоса р. Енисей, которые выполнялись более 10 лет, показывают его большое разнообразие – в составе донной фауны основного русла выявлено 164 вида беспозвоночных из 8 классов, 20 отрядов. На участке р. Енисей от плотины Красноярской ГЭС до устья р. Ангары зообентос состоял в основном из амфипод (ракообразные), хирономид (комары) и олигохет (черви). Доля ракообразных в зообентосе реки в среднем колебалась от 17 до 37% общей численности. В целом амфиподы вносили 25% от общей численности и 54% от общей биомассы донного населения.
Особое внимание следует обратить на значительные изменения в зообентосе р. Енисей, которые произошли после строительства Красноярской ГЭС (зарегулирования). Количественные характеристики зообентоса в результате существенно выросли, особенно на участке от плотины до устья Ангары: численность – более чем в 2 раза, биомасса – в 5 раз. Доля амфипод в биомассе зообентоса увеличилась в 10 раз, хирономид – в 9 раз, олигохет – в 40 раз по сравнению с данными исследований 1950-х гг. Анализ временной динамики указывает на продолжающееся увеличение биомассы зообентоса Енисея.