Комплексный мониторинг водных экосистем невозможен без исследования таково важного биологического звена как сообщества зообентоса (донная фауна). Зообентос – это беспозвоночные животные (например, пиявки, моллюски, ракообразные, черви, личинки насекомых и др.), обитающие в водоемах на поверхности грунта и в его толще. Одной из главных характеристик зообентоса, так же как и его отдельных представителей, является плотность (отношение количества организмов к единице занимаемого пространства, т.е. определенной площади дна водоема), которая выражается через численность (экз./м2) и биомассу (г/м2).

Роль зообентоса в водных экосистемах сложно переоценить. Во-первых, сообщество донных беспозвоночных – это звено в трофической цепи и пищевой объект для большинства видов сибирских рыб (осетровые, лососевые, сиговые, хариусовые, карповые и др.). Во-вторых, организмы зообентоса способствуют естественному самоочищению природных вод, поскольку в процессе своей жизнедеятельности становятся активными минерализаторами органических веществ и биофильтраторами воды. В-третьих, это надежные биондикаторы экологического состояния разнотипных водных объектов. Существует четкая связь между показателями зообентоса и содержанием загрязняющих веществ в придонных слоях воды и донных отложениях. Под влиянием загрязнения происходят структурные перестройки донных сообществ и снижение видового разнообразия.

Строительство каскада плотин на Енисее привело к масштабным изменениям гидрологического и термического режимов (особенно, в нижнем бьефе водохранилищ ГЭС). На 30% сократился тепловой сток, в результате чего ухудшились условия обитания гидробионтов, и зообентос Енисея изменился коренным образом. Современное население зообентоса р. Енисей состоит в основном из хирономид (личинки комаров), олигохет (черви) и амфипод (ракообразные). В целом, в основном русле Енисея на участке от плотины Красноярской ГЭС до устья р. Подкаменная Тунгуска выявлено 164 вида донных беспозвоночных животных. Количественные характеристики зообентоса после ввода в эксплуатацию Красноярской ГЭС существенно выросли, особенно на участке от плотины до устья Ангары: численность – более чем в 2 раза, биомасса – в 5 раз. Доля амфипод в биомассе зообентоса увеличилась в 10 раз, хирономид – в 9 раз, олигохет – в 40 раз по сравнению с материалами 1950-ых гг. прошлого столетия. В то же время, из донной фауны практически исчезли личинки многих видов насекомых, которые являлись основными кормовыми объектами ценных пород рыб (например, осетровых и сиговых).

Особо следует обратить внимание на распространение в Енисее амфипод байкальского происхождения (в основном Eulimnogammarus viridis и Gmelinoides fasciatus) выше устья Ангары. До зарегулирования реки амфиподы составляли 4.2% биомассы зообентоса выше устья Ангары, в настоящее время - 54%.

Известно, что ракообразные являются одними из самых активных гидробионтов, расселяющихся за пределы естественных ареалов (мест привычного обитания). Их распространение зачастую приводит к значительным, в том числе негативным, последствиям в водоемах-реципиентах, в частности, к снижению видового разнообразия и нарушению устойчивости водных экосистем.